После принятия регламента пошла унификация. В самом регламенте прописано, на какое зерно распространяется его действие – на кормовое и то, которое применяется для пищевых целей. Также отличительным признаком является вовлеченность зерна в оборот на подчинённой регламенту территории. Данные моменты – признаки того, что при соответствии указанным критериям зерно должно быть подвергнуто сертификации. Зерно идентифицируется по визуальным ботаническим признакам, маркировке и сопроводительным документам. На основании такого подхода, если его достаточно, выдаётся сертификат.
Но если маркировка отсутствует, данных в сопроводительных документах также недостаточно, а визуальный осмотр не позволяет по разным причинам сделать глубокие выводы, то проверяются физические и химические характеристики зерна. Сертификация касается, как и состояния самого зерна, так и условий его хранения, перевозки, состояния стенок ёмкости, в которой хранилось и (или) перевозилось зерно. Проверка может идти на заряжание конкретными заболеваниями, опасными для человека, на предмет сохранности зерна, на соответствие установленным критериям. Учитывается и то, имеется ли риск для возникновения подобного. В спорных ситуациях может быть проведена экспертиза.
Вопрос сертификации возложено проверять на таможенные службы стран-участниц Союза. Конкретные же контролирующие органы государственной власти в каждой стране могут быть свои. Хотя регламент подчёркивает необходимость единых подходов и единой методики в отношении контроля качества. Процедура сертификации является платной.